flatpakからインストールしたソフト全般に言えることだけど、セキュリティの問題でoverrideしないと日本語入力が効かないパターンがある。（imeがfcitx-anthyのときとか）
この仕様は英語圏以外では非常に面倒くさいので改善されないかな？
一応、以下のコマンドで解決できます。


この様にoverrideするプログラムを指定してやればよい

$ flatpak --user override --talk-name=org.fcitx.Fcitx --talk-name=org.freedesktop.portal.Fcitx [flatpak上のソフトの名前、例えばorg.abisource.AbiWordとか]

いちいち指定するのは面倒くさいけどこれがセキュリティとの妥協点かも知れない